非構造タンパク質等の構造予測ツール

2021/01/11 23:58 By Tech Manage

膨大なデータ処理を要することなく、汎用コンピュータのみの解析で従来法と同精度のNMR化学シフト予測データを得られる

Advantages

  • 天然変性タンパク質(intrinsically disordered proteins, IDPs)や非構造タンパク質、ペプチドの全長構造予測
  • 抗体、膜タンパクなど、X線結晶構造解析でもランダムコイルやループ構造とされている領域(以下、非構造領域と呼ぶ)の水溶液中での構造予測
  • 非構造領域に薬剤が結合したタンパク質のNMR実測データとの照合

Background and Technology

  • タンパク質の構造解析において、X線結晶構造解析で構造が決定されている部分がある一方、ランダムコイルやループ構造など、水溶液中での構造が不明なタンパク質も多い。
  • また創薬のターゲットであるTauやSynucleinなどのIDPsは非構造タンパク質である
  • これらのタンパク質の立体構造を予測する方法として、アミノ酸配列と候補構造からNMR化学シフトを予測する方法があるが、データ処理が膨大であるため高性能の演算装置や時間を要しており、解析が十分進んでいない。

Data

Unfolded apomyoglobin(153アミノ酸)のNMR化学シフト予測チャート

 従来法(黒):スパコンなどハイスペック計算機で5時間以上

 本発明(赤):1分以内で予測可能

Researcher

関 安孝 教授 (高知大学 医学部 生体分子構造学講座)

Expectations

本発明のライセンスインによるツールの社内利用及びソフトウェア開発

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